人と共に八百万の神々が生きる神話の世界「天和国（アマワクニ）」そこで劍神（ハヤガミ）を操る十二神鞘が起こした革命に巻き込まれたアラタは、秘女王殺しの罪を着せられ、逃げこんだ森で異世界（現代）へと飲み込まれる… 一方、現代の高校生・日ノ原 革は友達に裏切られ、絶望の中、異世界へと迷い込む。そこで革は“アラタ”としての運命を譲り受け、劍神「創世（ツクヨ）」の後継者となる。 秘女王が絶命寸前となったため...