在光坂高中空无一人的教室内，藤林椋（神田朱未 配音）终于鼓起勇气向被人当作不良少年的冈崎朋也（中村悠一 配音）表白幸运的是，她的爱意没有落于虚空，得到了冈崎热情而肯定的回应。两人自此开始交往，望着沉浸在幸福中的妹妹，藤林杏（广桥凉 配音）心中自是无法道出的复杂感受。某个明媚的假日，冈崎和杏在公园不期而遇。杏半开玩笑地教冈崎把自己当作椋练习接吻，谁知这一幕却被同学看见，第二天便在学校内传得风言风语。...

近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……...