明朝年间，兵部尚书麾下的百户段天昊为查出倭寇与阉党勾结销赃的证据，加入锦衣卫，几年来一直潜藏在太监总管张公公身边就在他终于得到线索，准备与多年兄弟总旗苏子峪里应外合抓住犯人时，兵部尚书刘大人得到阉党利用倭寇陷害福州知府的线报，并派出段天昊的弟弟段天麟到倭寇处卧底。段天昊与苏子峪只得放弃到手的功劳，前往福州，却不曾料到竟是一场有去无回的凶险之旅。...

萌骑士团与阇黑大战之后的半年，陨石突然飞向萌学园，彗星小组却察觉萌骑士队长艾瑞克竟随着陨石掉落到萌学园！大甜甜教员立刻展开治疗驶卷使微弱的艾瑞克，并联络夸特诺基地的陶格长老帮忙相同，谜亚星却掉落在地球上的夸特诺基地，产生魔法反转的奇异现象。透过大甜甜与亮晶晶的联络，艾瑞克得知谜亚星掉落在夸特诺基地，急切想知道找寻萌骑士团下落，但又察觉本人身体里产生奇怪的能量，艾瑞克失控了！...

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平...

明朝年间，兵部尚书麾下的百户段天昊为查出倭寇与阉党勾结销赃的证据，加入锦衣卫，几年来一直潜藏在太监总管张公公身边就在他终于得到线索，准备与多年兄弟总旗苏子峪里应外合抓住犯人时，兵部尚书刘大人得到阉党利用倭寇陷害福州知府的线报，并派出段天昊的弟弟段天麟到倭寇处卧底。段天昊与苏子峪只得放弃到手的功劳，前往福州，却不曾料到竟是一场有去无回的凶险之旅。...