废铁城中一位叫艾德的医生，有天在垃圾山上找到一个少女的机械残躯原来她的脑袋还保持著假死的状态，艾德成功把她救活并为她改名为凯丽，但她已失去了以前的记忆。艾德除了是医生外，原来也是奖金猎人。在缉捕犯人的战斗他清楚知道废铁城的黑暗，所以他希望凯丽能像个普通女孩子般过著幸福 的生活。但在一次偶然的机会下，发现凯丽原来懂得已失传的火星古武术「机甲术」。 虽然记忆失去，但她身体流著战斗的血，令她不理艾德的反...

宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰......